Ana sayfadaki query'i düzenlemenin en doğru yolu pre_get_posts filtresi yazmak.

Kullanıcıların seçtiği kategorileri ise user meta olarak veritabanında saklayabilirsin.

Bu kategorileri yönetmek için de bir seçim sayfası gerekecek. Bunu da en kolayından shortcode ile yapabilirsin. Sayfadaki form da ajax fonksiyonunu tetikleyip user metayı güncelleyebilir.

Özetle bu şekilde bir eklenti haline getirebilirsin.

Ancak kendi siten için eklentiye çevireyim diyorsan gerek yok, eklenti yerine tema içinde tanımlı olması sitenin çok az da olsa daha hızlı çalışmasına sebep olur.