ikisi de gözükmez. senin fb'ta paylaştığın link ile sitendeki comment box birbirinden bağımsız.

fb'ta yapılan yorum sitende gözükmez, sitende yapılan yorum fb'ta gözükmez.

biraz mantıksız oalbilir ama alternatif bir fikir vereyim: fb'ta linkini paylaştıktan sonra o paylaşımın embed kodunu alıp sitendeki ilgili konuya gömebilirsin. dolayısıyla her iki yere de yapılan yorumlar hem sitende hem fb'ta görünür. birbirine paralel çalışır. zaten embed çekiyorsun, biri aslı biri kopyası.