Doğru anlıyorsam yanıtlayayım. Döngü içerisinde sonuçları da bir dizi içerisine kaydedersiniz. Sonra ona göre kullanırsınız.

$sonuclar diye array oluşturdum. Döngü sonrası buna göre işlem yapabilirsiniz.

$fieldids = array();
$fieldids[0] = "12";
$fieldids[1] = "13";
$fieldids[2] = "14";

$sonuclar = array();
foreach ($fieldids AS $fieldid) {
  // sorgu burada
  $q = mysql_query("SELECT Value FROM tblcustomfieldsvalues WHERE relid='$userid' and fieldid='$fieldid'");
  $a = mysql_fetch_object($q);
   $deger = $a->Value;
   $sonuclar[] = array("$fieldid" => $deger);
}
foreach ($sonuclar AS $sonuc) {
   echo $sonuc; // size yine array olarak 12=>xxxx basar 
}