Gene kendim sordum kendim çözdüm sorunu. Sormadan önce de baya bir uğraşıyorum direk sormuyorum ama sorduktan sonra daha iyi odaklanıyorum heralde.

Öncelikle satır satır denetlemek mümkün olduğundan aynı satır içersinde uyuşuyorlarsa kod çalışıyor.
Farklı satırlarda çalışmıyor. Burda benim aptallığım var eğer öyle birşey olsaydı saçma olurdu.

Ben && kullanarak aldığım queryleri böldüm ve etkilenen satırlarını değişkenlere atadım. ve ardından koşul olarak yazdırdım yani:

    $userquery = query("SELECT * FROM uyeler WHERE uye_nick = '$username'");
    $dedem = mysql_affected_rows();
    $userquery = query("SELECT * FROM uyeler WHERE uye_email = '$email'");
    $ninem = mysql_affected_rows();
        if($dedem && $ninem){
            echo 2;
        }else{
            $query = query("SELECT * FROM uyeler WHERE uye_nick = '$username'");
                if(mysql_affected_rows()){echo 0;};
            $query = query("SELECT * FROM uyeler WHERE uye_email = '$email'");
                if(mysql_affected_rows()){echo 1;};        
        };