Antivirusu kapatın çıkartıp temizleyin.Ama bazı dosyaların silinmesine sebep olabilir kodlara bulaşmışsa.
Antivirüsün temizlediği dosyalara baktım.. Sitenin kullanımına zarar verecek bir php dosyasına bulaşmamış.. Virüs kendi php dosyaları oluşturmuş antivirüs te onları yakalıyor.. Tekrar rarlasam sıkıntı olmaz herhalde.