çok yüklü bir veritabanı değilse hangisi kolay kullanıma geliyorsa onu öneririm, ancak enterprise bir uygulama ve yüklü bir database varsa verileri tablolara bölmek ve gerekli olanları join ettirmen kitaba göre uygun olandır, profesyonel bir veritabanını normal form a indirgemen gerekebilir (1NF,2NF,3NF,BCNF..), bunun için normal form decomposition konularını incelemeni tavsiye ederim. Tabi bunların çok fazla ayrıntısı var, insertion,deletion anomaly,functional dependencies ve hangi decomposition sana nekadar kar sağlar gibi..
Database alanınsa bu konulara girmeni öneririm ama değilse hiç uğraşma kolayına gelenini yap