Mysqli sınıfını kullanabilirsin. Bununla bağlantıları farklı değişkenlere atayıp farklı sorgular yapılabilir.

Alıntı
$ogrenci_db = new mysqli("sinavsistemi.com", "root", "123456", "ogrenci");
$ogrenci_db->query("SELECT * FROM ...");

$yonetici_db = new mysqli("sinavsistemi.com", "root", "123456", "yonetici");
$yonetici_db->query("SELECT * FROM ...");
http://php.net/manual/en/book.mysqli.php