O dediğin şeyi şimdi hatırladım, mysql upgrade yaparkende 2 seçenek var biri Unattended upgrade bu seçenekte dediğin gibi mysqlü güncelliyor sonra php yi derliyor ama bu derlemeyi default php bileşenleriyle yapıyor sanırım, interactive güncellemeyi seçersen ayrı ayrı işlem yapıyor, mysqlü güncelledikten sonra php derleme aşamasında new settings diyip eksik bileşenleri v.s seçip temiz derleme yapabiliyorsunuz
o zaman doğru hatırlamışım hocam çünki default ayarlarla ileri ileri deyince otomatik php'de derleniyordu
ama en güzelide upgrade sonrası manuel derleme olacaktır sanırım.