Doğrudur hocam bendede bu şekilde olmuş olabilir çok net hatırlamamakla beraber mysql upgrade edildikten sonra otomatik php derlenmeye başladı o esnada sormuş olabilir default olarak derlensin diye
O dediğin şeyi şimdi hatırladım, mysql upgrade yaparkende 2 seçenek var biri Unattended upgrade bu seçenekte dediğin gibi mysqlü güncelliyor sonra php yi derliyor ama bu derlemeyi default php bileşenleriyle yapıyor sanırım, interactive güncellemeyi seçersen ayrı ayrı işlem yapıyor, mysqlü güncelledikten sonra php derleme aşamasında new settings diyip eksik bileşenleri v.s seçip temiz derleme yapabiliyorsunuz