Cpanelin mysql upgrade işleminde bir problem yaşanma ihtimali zayıftır.

İşleme başlamadan önce my.cnf dosyasını komple silin, sorun çıkma ihtimali zayıftır ama yedek alarak kendinizi güvenceye almanız sağlıklı olur.

Versiyonunuz 5.1 ise önce 5.5 e ardından upgrade sayfasına geri dönüp 5.6 ya yükseltin, sonrasında mysqllibclient bileşenlerinin yeni versiyonla entegre çalışması için easyapacheden php derlemesi yapmanız yeterli olacaktır.