Şahsen ben son 1 ayda 3 kere MySQL son sürüme upgrade ettim.
Fakat bu işi kesinlikle full yedek almadan yapmanızı önermem.
Ayrıca my.cnf içeriği değişti sanırım.eğer etc/my.cnf içinde ayarlamalarınız mevcutsa muhakkak kaldırın yoksa MySQL çalışmayacaktır.
Ben sorunsuz upgrade ettim hepsinde, fakat upgrade sonrası MySQL çalışmıyordu.my.cnf içini silip tekrar restartladığımda çalışıyordu, bilginize...