Yukarıdaki sorunu çözdüm, CHMOD ile alakalıymış. Öncesinde de proftpd kullanmaya başladım. Eskisini sildim.

sudo chown -R ftpusername /domain.com
diyince istediğimi yapabiliyorum. dosya yükleme,değiştirme vs.
Ama bununla sınırlı değil.

- Örneğin ftp'de chmod değiştiremiyorum.
- Başka bir domain eklediğimde tekrardan terminal'e girip elle chmod ayarlamam gerekiyor o dizine.

Yardımınızı bekliyorum, ilgilendiğiniz için çok teşekkür ediyorum. Sunucu yönetimi konusunda yeni yeni tecrübe ediniyorum.