Sizin olayın logla ilgisi yok, sitelerin kendisi log tutsa home dizini içinde tutar çünkü site dosyaları home dizininde, sizin ana dizininiz doluyor işletim sistemi, cpanel dosyaları, sqller burada çalışır sqller fazla ve büyük boyutluysa ana dizinede az alan verilmişse dolması normal birşey. Ki ben büyük dosya taraması yaptırdım göze çarpan devasa bir log veya başka anormal bir dosya çıkmadı, sadece erişim ve hata loglarını sildim 300-500 mb bir alan açıldı o sayede cpanel geri geldi ama bir süre sonra o açtığımız alan tekrar dolacaktır, kesin bir çözüm lazım.
tekrar tekrar uzatıp durma git format at diyorsun içinden tahmin edebiliyorum hocam

)
daha da kurtarma hakkında soru sormayacağım tamam

ana makina sahibi firmadan söylediğiniz şekilde mysql i taşımasını rica ettim cevap bekliyorum. ardından yedek alıp tek tek sql leri kontrol ediyorum. sonra format atılıp yükleme yapılıyor

inşallah sql dosyalarında sıkıntı çıkmaz.