Sizin olayın logla ilgisi yok, sitelerin kendisi log tutsa home dizini içinde tutar çünkü site dosyaları home dizininde, sizin ana dizininiz doluyor işletim sistemi, cpanel dosyaları, sqller burada çalışır sqller fazla ve büyük boyutluysa ana dizinede az alan verilmişse dolması normal birşey. Ki ben büyük dosya taraması yaptırdım göze çarpan devasa bir log veya başka anormal bir dosya çıkmadı, sadece erişim ve hata loglarını sildim 300-500 mb bir alan açıldı o sayede cpanel geri geldi ama bir süre sonra o açtığımız alan tekrar dolacaktır, kesin bir çözüm lazım.