Tam anlamadım ama

tek site birden çok database istiyorsan

üye adı kısmına hangi databaseye erişeceğini kodla

örnek
itu_user
otdu_user

eğer itu ile başlarsa
sql bağlantısını
itu datebaseye yap
otdu ile başlıyorsa otdu datebase yap

tüm site aynı veri tabanları farklı olur

hatta girişleride böyle yapabilirsin

sinavsistemi.com/ogrenci
sinavsistemi.com/oretmen
sinavsistemi.com/mudur

gibi