tabloların içinde okul_id gibi bir sütun olmalı. tüm verileri veritabanına kayıt ederken, o veri hangi kuruma aitse onun id'sini okul_id sütununa girmelisin.

daha sonra, login olan öğrenci, öğretmen veya yöneticinin okul_id'ine bakıp, göstereceğin bilgileri çekerken tüm sorgularına okul_id=$okul_id olarak ekleme yapmalısın.

tabiki dosya kopyalamak doğru değil. hele durduk yere veritabını çoğaltmak hiç doğru değil. ileride bir geliştirme yaptığınızda tek tek tüm veritabanlarıyla uğraşmanız gerekir.

tek veritabanı, tek codebase'de herkese görmek istediği dünyayı gösterebilirsin.