Tüm değişiklikler şu linkte.

Backup transfer sistemi değiştirilmiş.
Yeni tema eklenmiş.
Cluster sistemi geliştirilmiş.
Destek sisteminde değişiklikler yapılmış, test etmedim ama sorun yaşadığınızda sanırım daha hızlı şekilde ticket açılabiliyor.

http://cpanel.net/11-44-now-in-release-tier/

Bu arada 11.42 versiyonundan 11.44 e site aktarımı yapacaksanız, 11.42 olan sunucunun cpanel versiyonunu mutlaka 11.44 e güncelleyin 2 sunucu versiyonuda aynı olsun.