Filezilla kullanarak sftp ile gir root'a ardindan buraya git /usr/lib64/php/ioncube/ ve olup olmadigini bak.
Sorunu çözdüm hocam nasıl olduysa sunucuya 2 php kuruluymuştu. 2 sinide silip nginx e göre cli sürümünü tekrar yükledim reposundanda ioncubeyi kurdum sonrasında php ve nginx yeniden başlatınca olayı tatlıya bağladım.