Mysql logları tabloda değil dizinde dosya halinde tutulur.

/var/log/mysqld.log

bu dosyayıda basit bir cron ile 1 saatte bir silebilirsiniz. Fakat gördüğüm kadarıyla tabloları boşaltmak istiyorsunuz bunun için bir sql dosyası oluşturun önce. içeriği tabloları boşaltmak için:

TRUNCATE table1;
TRUNCATE table2;


şeklinde olabilir.

sonra bu dosyayı sunucuda bir klasöre atın ve crontab a otomatik olark bu SQL i 1 saatte bir çalıştır diyebilirsiniz.

Komut 1 :
crontab -e # crontab zamanlanmış görev tanımlamak için

Komut 2 :
0 * * * * mysql -pMYSQLROOTSIFRESI -u root DBismi < /root/yaptigimizsqldosyasi.sql

Komut 3 :
:wq # konfigürasyonu kaydet.

tabi bunu önce boş bir sistemde dene ve oluşan etkiyi gör sonra canlı bir sistemde çalıştırırsın. Önce boş bir sistemde neler olduğunu gözlemle.