dediğiniz gibi apache conf dosyasında timeout engeline takılıyor olabilir.

ffmpeg ile video çevirme işlemleri olsun dosya download olsun, shell_exec ile komuttan arka planda dev null ile çalıştırın.

birden fazla komut sıralı çalıştırarak + loglama yaparsanız tam kontrolünüzde olucaktır.

basitinden

$cmd1 = 'ffmpeg_yolu -i vs vs ..'; // veya wget ...
$cmd2 = 'php_yolu islembitti.php';
$log = 'xx.log';

shell_exec('('.$cmd1.' && '.$cmd2.' && exit) > /dev/null 2>'.$log.' &');

browser üzerinden işlem yapılmasını pek sağlıklı değil bence.

phpnin bu tip durumlar için fonksiyonuda mevcut

http://tr1.php.net/manual/tr/functio...user-abort.php