Goddady sistemini bilmiyorum fakat VPS üzerine Cpanel veya Plesk panel kurmuş iseniz iptables kapatmanız gerekebilir genelde kurulum sonrası otomatik olarak açık oluyor kapatmak için ise service iptables stop yazmanız yeterli SSH erişiminden ayrıca bir daha açılmaması için chkconfig iptables off yazarsanız VPS resetlediğinizde herhangi bir açılma veya sorun çıkarma yapmaz.