Hangi cache eklentisini kullanıyorsunuz ki ? Ayrıca cache eklentisinin sunucu zaman aşımı hatasını verdirebileceğini zannetmiyorum. Sorun çok büyük ihtimalle tema kodlamalarındaki ya hatalı wp mqsqll sorgularından, yada çok fazla wp mysqll sorgularından kaynaklanıyor.

Temanızı optimize edin veya ettirin. Tavsiyem bu yönde.