Merhaba ,
Farklı instance ile yeni mssql kurarsan aynı makinaya sorun olmayacaktır . Normalde mssq l sunucu herhangi bir konfigürasyon istememekte kurulumdaki bir sorunda nhata alıyor olabilirsin. Eğer çözüm olmaz ise sunucunu yeniden kurman gerekecektir. Tabi sadece proticaret hesaplarını sen açacaksan lokalinde kurulum yapıp veritabanı yedeğini alıp proticaret kurulumunu aldığın backup dosyasını restore ederekte yapabilirsin .