Multisitede tek bir tema kullanıyor iseniz, temanızın footer.php dosyasına metrica kodlarını yerleştirmeniz bence en mantıklısı.
Belki diğer arkadaşlar daha farklı düşünürler.
en kolayı tema içerisine koymaktır
temalar farklı.
250+ subdomain ile hepsi farklı temalar.
tema sitesi gibi düşünün.