teknik olarak o klasörü silmeniz imkansız

çünkü linuxta o klasör boşluğu - yokluğu ifade eder,
örneğin çıktısını önemsemediğiniz bir işlemi >> /dev/zero yaparak çıktı vermesini önleyebilirsiniz ancak çalışan program çıktı üretmeye devam eder ve sorunsuz çalışır.
Yani merak etmeyin herhangi bir sorun yaşamazsınız. Makinenizi resetlediğinizde o klasör geri yerine gelecektir.