SELECT count(sebep_id) as sebepAdet
FROM soru_sebep_iliskisi
GROUP BY sebep_id
ORDER BY sebebAdet;

Bu sorgu size sorunların sebeplere göre çoktan aza listesini verir.
Sebep adını da almak için

SELECT sebep, count(sebep_id) as sebepAdet
FROM sebepler, soru_sebep_iliskisi
GROUP BY sebep_id
ORDER BY sebebAdet 
WHERE sebepler.id=soru_sebep_iliskisi.sebep_id;

Test ediniz, akıldan test etmeden yazdım, ama mantık bu şekilde.