Bu kod çok sağlam, eline, aklına sağlık dostum.

if($kod1gelen == $kod1kontrol && $kod2gelen == $kod2kontrol){

echo "iki şifrede doğru ;)";
}else {

echo "Şifreler yanlış.";
}

Kısmını; iki kod sütununda da aynı sayıda kayıt olduğu ve tüm satırlarda arama yapması gerektiği için:

for($i=0;$i<=count($kod1kontrol);$i++)
{
if(($Kod1[$i]==$kod1input) and ($Kod2[i]==$kod2input))
{
echo "iki şifrede doğru ;)";
}
else
{
echo "Şifreler yanlış.";
}
}

Kodlarıyla değiştirmeye gerek var mı sence?