bunu yapmak okadarda zor birşey değil cpanel kullanıyorsanız iki ayrı hosting kullansanızda diğer hostinginizdeki veritabanı bilgilerini 2. sitenizde bulunan configuration.php isimli dosyaya girdiğinizde siteniz veritabanından bilgileri çeker ftp'ye dosyalarınızı transfer etmeniz yeterli olucaktır.
Siz böyle diyorsunuzda sanırım bir konuyu atladınız.
Tamam dediğiniz doğru veritabanı dosyalarıyla aynı verileri ikinci bir alt domain'de çalıştırabilirsiniz fakat WHMCS de bulunan site adı url ve ssl url yi 2 farklı şekilde nasıl yapıcak bunu hiç düşünebildiniz mi ?