geçici bir çözüm olarak B sitenden A 'ya 301 domain yönlendirmesi yapabilirsin, analytics bunu referral olarak görmez.
Ayrıca hataya neden olabilecek şey, xml den veri çekerken bir yerlerde bunun source'u olarak B siten kalmış olabilir.
Veri tabanını bir kontrol etmende fayda olabilir.
arkadaş özetlemiş,
php my admine girip B sitenizi tüm tablolarda aratınız varsa sonuçlar düzenleyip değiştiriniz.