Serial key'leri nasıl temin ediyorsun en önemli nokta bu.

Toptan key alıp kendi sunucuna kaydettiğini varsayıyorum...
2 farklı veritabanı oluşturup birini site (satış kanalı) için, diğerini de key'leri saklamak için kullan. Hatta 2 farklı sunucu olursa çok daha tatlı olur.
Sitede satış gerçekleştiği zaman arkaplanda API ile serial key DB'sine bağlanıp serial key'i çek ve kullanıcıya ilet. Bu noktada satılan key'i istediğin veritabanında saklayabilirsin, bu sana kalmış.
Her iki DB için de güvenlik sizin bilginizle sınırlıdır.
%100 güvenli sistem diye bi şey yok unutmayın, google bile geçmişte defalarca hack'lendi.

Sysadmin, DBA, yazılım geliştirme vs. bunların her biri başlı başına meslek grupları olduğu için profesyonel destek almanız şart.