SELECT (alacak-borc) AS bakiye from TABLE order by bakiye desc

şeklinde çözebilirsin.

Not: alacak ve borc sütunlarını unsigned olarak yapılandırıp iki sütunda da pozitif değerler tutmanı tavsiye ederim. Eğer borç kısmında negatif değer tutacaksan SELECT (alacak-borc) yerine (alacak+borc) şeklinde düzenleme yapmalısın.

Düzenleme: Yazmış olduğum sorgu problemin çözümü için eksik olmuş, sorguyu while döngüsü içerisinde işleyerek daha önceden belirlemiş olduğun değişkene ekleme işlemi yaparak son bakiyeyi elde edebilirsin.