jquery append arasında html kodları olduğu için body tagının kapanışını hesaplayamıyor olabilir ve bu yüzden sorun veriyor olabilir.
script kodlarını aşşağıdaki gibi cdata içerisinde yazıp dener misin ?
<script type="text/javascript">
// <![CDATA[
kodlar buraya
// ]]>
</script>