@victories my.cnf dosyasında bir kaç satır daha ekledim koyu satırlar önceden var olan satırlar kırmızı satırları yeni ekledim ve mysql'e restart attım... reset attığım için mysqltuner.pl öneride bulunmuyor sistemin biraz çalışması için ama mysqltuner.pl çıktısını gene ekliyorum...

  GNU nano 2.0.9             File: /etc/my.cnf

[mysqld]
innodb_file_per_table=1
open_files_limit=50000
query_cache_size = 32M
thread_cache_size = 128
table_cache = 2000
key_buffer = 256M
query_cache_limit = 4M
@

@MiLLer7 cronjob günlük değil her 60 saniyede bir çalışıyor 400 bin kayıt içinden gerekli verileri çekiyor ... ve tablo onarımını verdiğin kodla yaptım (Bu yeni sunucuya geçtiğimde ben tek tek phpmyadminden elle onarmıştım.... teşekkür ederim.)

@Novadizayn uyarın için teşekkür ederim...

aldığım firmanın web sitesindeki paket bilgilerinide yazayım..

Intel i7 3770 İşlemci
4 Core CPU
4 GB Ram (Bellek)
40 GB SSD + 100 GB SATA3
100 Mbit Bağlantı
2000 GB Aylık Trafik

dediğiniz gibi vds oluyor sanırım..

aşağıdada mysqltuner.pl nin çıktısı var yeni restart attığım için 24 saatlik verilere göre önerilerin yanlış olabileceğini söylüyor sanırım.

root@sunucu1 [/]# ./mysqltuner.pl

 >>  MySQLTuner 1.3.0 - Major Hayden <major@mhtx.net>
 >>  Bug reports, feature requests, and downloads at http://mysqltuner.com/
 >>  Run with '--help' for additional options and output filtering
[OK] Currently running supported MySQL version 5.5.36-cll
[OK] Operating on 64-bit architecture

-------- Storage Engine Statistics -------------------------------------------
[--] Status: +ARCHIVE +BLACKHOLE +CSV -FEDERATED +InnoDB +MRG_MYISAM
[--] Data in MyISAM tables: 1G (Tables: 1767)
[--] Data in InnoDB tables: 2M (Tables: 133)
[--] Data in PERFORMANCE_SCHEMA tables: 0B (Tables: 17)
[!!] Total fragmented tables: 17

-------- Security Recommendations  -------------------------------------------
[OK] All database users have passwords assigned

-------- Performance Metrics -------------------------------------------------
[--] Up for: 4m 52s (34K q [118.041 qps], 253 conn, TX: 116M, RX: 5M)
[--] Reads / Writes: 97% / 3%
[--] Total buffers: 448.0M global + 2.8M per thread (151 max threads)
[OK] Maximum possible memory usage: 863.2M (22% of installed RAM)
[OK] Slow queries: 0% (0/34K)
[OK] Highest usage of available connections: 4% (7/151)
[OK] Key buffer size / total MyISAM indexes: 256.0M/108.7M
[OK] Key buffer hit rate: 98.1% (514K cached / 9K reads)
[OK] Query cache efficiency: 21.2% (6K cached / 32K selects)
[!!] Query cache prunes per day: 3982980
[OK] Sorts requiring temporary tables: 0% (5 temp sorts / 14K sorts)
[!!] Joins performed without indexes: 5
[!!] Temporary tables created on disk: 45% (5K on disk / 13K total)
[OK] Thread cache hit rate: 97% (7 created / 253 connections)
[OK] Table cache hit rate: 98% (672 open / 679 opened)
[OK] Open file limit used: 2% (1K/50K)
[OK] Table locks acquired immediately: 100% (40K immediate / 40K locks)
[OK] InnoDB buffer pool / data size: 128.0M/2.1M
[OK] InnoDB log waits: 0
-------- Recommendations -----------------------------------------------------
General recommendations:
    Run OPTIMIZE TABLE to defragment tables for better performance
    MySQL started within last 24 hours - recommendations may be inaccurate
    Enable the slow query log to troubleshoot bad queries
    Adjust your join queries to always utilize indexes
    When making adjustments, make tmp_table_size/max_heap_table_size equal
    Reduce your SELECT DISTINCT queries without LIMIT clauses
Variables to adjust:
    query_cache_size (> 32M)
    join_buffer_size (> 128.0K, or always use indexes with joins)
    tmp_table_size (> 16M)
    max_heap_table_size (> 16M)

wp total cache eklentisi için ise sunucuya dün xcache i kurdum ve biraz sonrada memcached eklentisini kurucam...

bu arada sizede ilk mesajda belirttiğim gibi wp-admin panellerinde hala anasayfada ki gibi bir hız yok... anasayfa yada katagoriler jet gibi ama wp-admin için bekliyor...

Chrome F12 den Network da geçikmeyi sağlayan yerin resmini de ekliyorum...