/var/db/mysql dizinindeki mysql dosyasının adını değiştirin ve başka bir çalışan serverin mysql dosyasını atarak deneyin ve izinleri unutmatın chmod -R 777 /var/db/mysql
Dediğiniz şekilde yaptım navicat bağlandı evet ama hala site bağlanmıyor sizce nedendir ?