Selam Hocam,

flexy-menu.css dosyasının içerisinde media queryleri var.

@media only screen and (max-width:768px){ } şeklinde.

bu pencere max 768px ise bu blok içincdeki kodların çalıştır demek.

aşşagıdaki classı yorum satırı yaparsan menunun düzeldiğini göreceksin.

.flexy-menu li {
display: block;
width: 100%;
}