Pardon ama scale,scaleX,scaleY bunlar obje ölçeklendirmeye yarar. Benim bahsettiğim konuyla ne gibi bi bağı var anlamadım?
Pardon dalgınlıkla yanlış bilgi verdim kusura bakmayın aslında sorunu çözmek için ana seçiçi içerisinde aynı classa sahip elementleri reverse() ile ters sıralatabilirsiniz. Ancak bunun için javascript ile aynı @media için kullandığınız width değerlerini kontrol ettirerek çalıştırırsanız istediğiniz olur.
$(".wrapper").append($(".item").get().reverse());