genelde o tarz virüsler host içerisini silip yeniden kurmakla olmuyor temp klasörünün içine atıyorlar virüs ve belli aralıklarla kontrol edip silinmişse yeniden ekliyor.

hosting firmasından yardım alarak çözebilirsiniz. + olarak yazma izinlerini kapattırıp sadece uploads klasörüne izin verirseniz sitede sıkıntı kalmaz.