Sub domain tamamen yeni bir sitedir. Var olan ana sitenizin hiç bir desteğini alamaz.
Seo açısından Pek farkı yoktur. Eğer açacağınız yeni subdomain veya kategori/sayfa güncelleme imkanı yaratıyorsa (blog.site.com veya site.com/blog gibi) site.com/blog tercih etmeniz de fayda vardır. Hem PR değeri alma açısından avantajı olur hemde siz blogunuza yazı yazarken aynı zamanda ana siteyide guncellemiş sayılacagınız için ana siteyi de desteklemiş olursunuz.
Burada önemli olan arkadaşın dediği gibi ana siteniz Sandbox vs yerse site.com/blog seklinde oluşturdugnuz zaman komplesi etkilenir ama sub domaın etkilenmez.
Eğer ben herşeyi doğru yapacağım diyorsan site.com/blog Tavsiyemdir.