Kontrollerin yer değiştirecek, o zaman çalışır.
<link rel="stylesheet" href="<?php bloginfo('template_url'); ?>/css/style.css" />
<!--[if IE]>
<link rel="stylesheet" href="<?php bloginfo('template_url'); ?>/css/ie-style.css" />
<![endif]-->
Şimdi bende iki css var ikisindede kodlar aynı sadece px değerleri farklı. Bu dediğiniz kodla yine olmadı. Yani ie ise öbür css'i çalıştıracak ie değilse normal css. Sizin verdiğiniz kodda sanırsam normal css'i çekip alttaki css'i çekiyor yine ?