Merhaba anlattığınızdan şu durum ortaya çıkıyor verdiğiniz kodun üstünde set_time_limit(0); yaparsanız büyük ihtmalle bu durum ortadan kalkar timeout olma nedeni browserda budur.

Cronda bu tarz işlem yapma nedeni ise muhtemelen timeout oldukça cron tekrar başlatmış olabilir bununda loglarını raw access log üzerinden görebilirsiniz cpanel kullanıyorsanız.