@burhancepni,

Büyük ihtimal karakter kodlaması farklılıklarından kaynaklanan bir eksiklik var gibi geliyor bana.

<?php
echo $text = "nice car"; 
echo "<br />";

$false = file("eski.txt"); 
$true = file("yeni.txt"); 

foreach($false as $key => $value){
	$false[$key] = trim( $value );
}

foreach($true as $key => $value){
	$true[$key] = trim( $value );
}

//print_r($false);print_r($true);

echo $text = str_replace( $false, $true, $text);

boşlukları silip denediğimde oluyor.