Alacağınız yere göre ikiside işinizi görür ama çalışma mantıkları açısından vds dedicated kaynaklara sahip olacağı için daha uygun olacaktır. ayrıca uzak masaüstüde bağlanacaksanız ubuntu tavsiye ederim.
Ubuntu ile linux arasında pek fark yok sanırsam. debian packager ile çalışacağım için sanırsam ubuntu'da da çalışıyor ?