bence sisteminize sızan birisi eklentiyi düzenleyip bu işlemi eklentiye entegre etmiş olabilir.
açık olacağını hiç zannetmiyorum o eklenti dosyalarını incelemenizi gerekirse silip ftpden tekrar kurnmanızı öneririm.
Söylediğiniz işlemleri defalarca yaptım. Başka eklentiler kullandığımda sorun yaşamıyorum ama total , süper cache gibi klasör adında w3 olan tüm eklentilerde aynı açık var