Bende aynı problemi yaşamıştım.
tr.gz olarak attığın taktirde full yedek atmıyorsun dimi ?
belirli klasörlerin yedeğini koyman gerekir.
/var/db/mysql içerisindeki dosyaları değil klasörleri alman gerek.
Mysql klasörü haric. diğerlerinin yedeğini atarsan sorun olmayacaktır.
ve yüklediğin sunucuda tr.gz de cektiğin yedekde bulunan makinada var ise sileceksin.
sql olarak atma da şöyle çalışanını atarsan yüklediğin yerdeki bozuk olanı silmen gerekir.
Bilmem anlata bildim mi.