PHP 6 ile birlikte mysql_ fonksiyonları artık kalkacaklar. 5.5 itibarıyla deprecated, 6 ile de obsolete olacaklar. Bu vakitten sonra zaten ya MySQLi ya da PDO kullanmak zorunda kalacaksınız.

Şimdi gelelim PDO'nun neden kullanılması gerektiğine, bir kaç madde sıralayayım;
1) 12 veritabanı türünü destekler.
2) ? ve :key gibi kullanımlarla çok kolay şekilde SQL INJECTION açığından korunmanızı sağlar.
3) ; ile ayrılmış birden fazla query'i aynı anda çalıştırabilirsiniz.
4) mysql_ fonksiyonlarında olduğu gibi bir while'a ihtiyaç duymadan direkt fetchAll yaparak tüm kayıtları bir dizi olarak alabilirsiniz. Bu yönden de iyidir.
5) OOP'dir. Kodlarınızın geneli OOP ise PDO kullanmak zaten doğru olacaktır.