Onu script içinden yapabilirsin. İlgili dosya içinde veritabanı sorgusu yapıldıktan sonra örneğin;

if ( $bd[url]=="" ) # veritabanında mevcut değilse
{
header( 'HTTP/1.1 404 Not Found' ); #header 404 verip
include( $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] . '/404_sayfam.shtml' ); #şu sayfayı aç
die(); #kapat
}
?>

ya da

if (mysql_num_rows($durum)!=1) gibi bir sorgu yapılabilir.