bahsettiğiniz bir klasör değil, disk bölümü ve filezilladan silmeniz mümkün değil. gördüğünüz dosya sisteminiz için açılan symlinkti ve reboot ettiğinizde geri yerine gelir. Yani makineniz açılır merak etmeyin,

ilgili kayıt /etc/fstab dosyasında bulunur. bu dosyayı açıp bakın # işaretli satırların bitiminde ilk sırada aşağıdaki gibi, sisteme hangi klasörü nereye mount edeceğini söyleyen bir satır bulunur.

/dev/mapper/vg_portal-lv_root /                  ext4    defaults        1 1