Sildiğiniz dizin yüzde 100 olup mysql durduysa demekki mysql dizini o dizin imiş, veritabanlarınıza

Mysql için özel bir partition oluşturmadıysanız, mysql root partitionunda çalışır yani o dizin aynı zamanda root partitionudur, centosada

Cpanele girip bir dolaşın, hatalar ile karşılaşıyorsanız zaten geçmiş olsun, reboottan sonra gelmeyecektir sunucu.