Neden curl ile olmazmış?
javascript fonksiyonunun yaptığını çözüp php ye yaptırdınız mı sorun olmaz bence.

Şu şekilde login olunuyor.
checksubmit javascript fonksiyonu username ve passwordü alıyor
form içindeki seeddata verisi ile birlikte md5 e sokuyor. ortaya çıkan md5'i de
authdata değeri olarak login.cgi dosyasına gönderiyor.

curl ile login.cgi dosyasına formu şu şekilde submit etmen lazım


<form action="login.cgi" name="loginform" method="POST">
<input type="hidden" name="seeddata" value="939B4BE6">
<input type="hidden" name="authdata" value="<?php md5('939B4BE6'.'kullanıcı_adı'.':'.'parola');?> ">
</form>

//Önce seeddata değerini almak için session ile cookie oluşturup sayfayı çağırmak lazım
$ch = curl_init();
curl_setopt($ch, CURLOPT_URL,$url); 
curl_setopt($ch, CURLOPT_HEADER,0);  
curl_setopt($ch, CURLOPT_RETURNTRANSFER, 1);
curl_setopt($ch, CURLOPT_FOLLOWLOCATION, 1);  
curl_setopt($ch,CURLOPT_AUTOREFERER,1);
curl_setopt($ch, CURLOPT_SSL_VERIFYPEER, false);
curl_setopt($ch, CURLOPT_SSL_VERIFYHOST,  2);  
curl_setopt($ch, CURLOPT_COOKIEJAR, dirname(__FILE__) . "/cookies.txt");
curl_setopt($ch, CURLOPT_COOKIEFILE, dirname(__FILE__) . "/cookies.txt");
curl_setopt( $ch, CURLOPT_COOKIESESSION, true );    
$result = curl_exec($ch); 

//result içinden gelen seeddata değerini alıp yine aynı cookie dosyası ile şu şekilde post etmek lazım
$post= array(
						'loginform' => '',
						'seeddata' => '939B4BE6',
						'authdata' => md5('939B4BE6'.'kullanıcı_adı'.':'.'parola')
				);
curl_setopt($ch, CURLOPT_POST, TRUE);
curl_setopt($ch, CURLOPT_POSTFIELDS, $post);

javascript dosyasının yaptığı seeddata nın value değeri, admin kullanıcı adı ve parolayı aralarına iki nokta üst üste koyarak md5 hash haline getirip authdata inputuna value olarak atayarak login.cgi a göndermek.