İkisinin avantajı dezavantajı var. Bu iyidir veya bu kötüdür demek zor. Tercih yazıların ne sıklıkla girileceği, özgünlük düzeyi, link oluşturma planları vs göz önünde bulundurularak yapılabilir.

Subfolder aynı sitenin bir parçası olmanın avantajını taşır. Bunun yanısıra sitenin yakalandığı birçok filtreden direk etkilenecektir. Panda ve geçici olarak yakalandığı tüm filtreler anasayfayı etkileyebilir.

Subdomainin Panda açısından bir avantajı var. Pratikte bir subdomainin Pandaya yakalandığında diğerinin yakalanmadığını gördüm. Veya sitenin anasayfası bir filtre yüzünden çıkmıyor ama subdomainleri çıkıyor. Bu anlamda subdomain ayrı bir siteymiş gibi davranmanın avantajını taşıyor. Cname kaydı oluşturup farklı lokasyonlarda barındırabilme vs gibi avantajları da var.

Penguen sözkonusu olduğunda subdomain ayrı bir site değil o da sitenin bir parçasıdır.

Kısaca tercih senin.